時間飛逝，在清軍退走兩個月後，即崇禎十二年（1639年）五月，明朝內陸的局勢再度發生了天翻地覆的變化，此前接受招撫的張獻忠在谷城再度高舉義旗，並迅速擊潰谷城官軍，殺縣令阮之鈿和巡按御史林銘球，拆毀城垣，劫庫縱囚，明朝監軍道張大經和馬廷寶、徐起祚投降。
張獻忠離開谷城時，又將官府上下大小官員向自己索賄的名單、數字和時間刻在了城內外的牆壁上，頓時天下譁然。
張獻忠再度起兵的同時，羅汝才、馬守應也再度起兵響應，並與張獻忠在谷城會合。而已經被朝廷擊潰，躲在商雒山中的李自成也趁機重整旗鼓，再度從湖北鄖、均地區進入河南。一時間，農民起義的烽火，再度在中原大地上熊熊燃起。
農民軍的降而復叛讓本就風雨飄搖的明帝國徹底進入了餘暉階段，農民軍本來都投降接受詔安了，高層或許少數人有野心存著觀望的意思，但只要你明朝官府別太過分，拿出一些姿態來，做好農民軍的安置工作並且擺出中央政府的氣勢，其實絕大部分的農民軍還是願意老老實實聽話的，好歹大明兩百多年的餘威尚在。
可基層官府以及中央的文官系統官僚們壓根沒有把這些農民軍當成自己的子民看待，哪怕就是投降了也依然還是不斷壓榨勒索，看守那些被招安農民軍的明帝國官員監軍竟然異想天開的去向那些農民起義軍索賄，一次不夠還繼續來好幾次，農民軍忍無可忍之後也只能降而復叛了，原因很簡單，你猜猜我到底是因為啥才造反的？好不容易答應招安了，你竟然還敢勒索我，老子要是有錢有糧我會造反麼？
五月下旬，明帝國內陸農民起義軍重新開始造反的訊息傳到了山東境內，一直停駐在膠州灣負責全盤大局的陳昊得知這個好訊息之後終於開始放心北上前往登州城了。
現在最後一個威脅登萊新佔領地的因素被完全打消了，明帝國面對著重新燃起的義軍浪潮以及遼東建奴的虎視眈眈根本不可能抽出來任何精力搭理登萊地區的事情，更何況一直到目前登萊兩地的定海大兵都是打著明軍的名頭在控制這二府之地。
陳昊這三個多月來一直都是在膠州灣停駐負責各種後勤工作以及遙控指揮前線軍隊，佔據登萊二府在軍事角度上沒有任何困難，沿途各地府縣幾乎就是全力配合丁海軍的入駐，除了剿匪工作有些棘手麻煩之外其餘的事情根本用不上武力。
最困難的事情還是如何恢復戰後的山東半島正常社會秩序以及生產工作，光佔領土地是絲毫沒有鳥用的，還得土地上有人，有了人之後還得有秩序和安全，然後佔領地才能源源不斷的提供利益，這才是王道。
四月末，定海本土議會透過前線陳昊發回的議案，同意成立登萊總督區對新佔領的登萊二府實施通知，隨後陳昊便以總理府總理的名義下發命令，免去徐望祖混成旅旅長的職務以及中校校軍銜，繼續保留副總理以及國防大臣職務，另外任命徐望祖為新成立的登萊總督區總督，這一條命令也早就是徐望祖等候多時的了。
被免去的混成旅旅長職務以及中校軍銜，對於徐望祖本人的政治前途而言就是一種解脫，這意味著他徹底擺脫了一個軍頭的身份，躋身成為了一名真真正正的高層政治人物，這也是華人的政治傳統，正兒八經參與中樞決策成為一個帝國核心權力人物的官員，從來都是文官。
陳昊早在就任總理的時候也卸掉了軍職，定海共和國軍政分離的制度也是從陳昊這裡開始，他帶頭做起，這也是政治平衡之中的一環。
徐望祖現在的職務含金量可比中校旅長強太多了，副總理國防大臣外加登萊總督區總督大臣，未來很長一段時間，徐望祖都將是登萊總督區軍政一把抓的絕對權力領袖，徐望祖本人對於這個任命非常滿意。
陳昊在成立總理府的時候